フレックスタイム制度とは？仕組みと活用方法を徹底解説

フレックスタイム制度とは、自由に出退勤できる制度だ——そう思っている人は少なくありません。でも、本当のことを言えば、働く時間の総量は変わりません。変わるのは、いつ働くかだけです。

この「いつ」の自由が、日々の生活をどれほど変えるか。子どもの送り迎えができる。通勤ラッシュを避けられる。集中できる時間に仕事を持ってこられる。フレックスタイム制度の中身を正確に理解することで、初めて活かせる自由があります。

本記事では、厚生労働省の公式資料と労働基準法の条文を根拠に、フレックスタイム制度の仕組みを正確に解説します。正社員とフリーランスの違い、2019年改正のポイント、そしてリモートワーク求人との掛け合わせまで、転職を考える方に必要な情報を整理します。

目次

1. フレックスタイム制度とは何か——法的根拠と正確な定義

フレックスタイム制度について、「働く時間の総量は変わらない。変わるのは、いつ働くかだ」という理解が出発点です。この一文に、制度の本質がすべて収まっています。

1-1. 労働基準法第32条の3が定める仕組み

フレックスタイム制度は、労働基準法第32条の3に根拠を持つ変形労働時間制の一形態です。厚生労働省の公式解説によれば、「清算期間（最長3か月）における総労働時間をあらかじめ定めておき、その範囲内で労働者が各日の始業・終業の時刻を自ら決定できる制度」と定義されています。

つまり、制度の核心は「時間の分配の自由」にあります。1か月に160時間働くと決めたなら、その160時間をいつ消化するかを自分で選べます。ある日は9時間、別の日は6時間でも構いません。ただし、160時間という総量は変わりません。

この点を誤解すると「毎日好きな時間に早退できる」と思い込み、実際の制度運用とのギャップが生じます。フレックスタイムとは、総労働時間の約束を守りながら、時間配分の主導権を労働者に渡す仕組みです。

参照：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き（令和5年改定版）」
https://www.mhlw.go.jp/content/001209285.pdf

1-2. コアタイムとフレキシブルタイムの違い

フレックスタイム制度の運用には、大きく2つのパターンがあります。

どちらの型を選ぶかは企業と労働者の労使協定で決めるもので、法律がどちらかを強制することはありません。

1-3. 2019年改正のポイント——清算期間の延長

2019年4月施行の改正労働基準法により、フレックスタイム制の清算期間が「1か月以内」から「3か月以内」に延長されました。これは制度運用の実態として大きな変化です。

清算期間が3か月になると、繁忙期と閑散期を合わせた単位で総労働時間を管理できるようになります。たとえば、3月は120時間、4月は180時間、5月は160時間という調整が可能になります。年度末の繁忙期に合わせて働き、落ち着いた月に調整するといった柔軟な運用が制度上認められました。

ただし、3か月の清算期間を設ける場合は追加ルールがあります。各月において週平均50時間を超えた労働時間については、清算期間終了を待たずにその月の時間外労働として割増賃金の対象になります。柔軟性の拡大と引き換えに、管理コストも上がる改正です。

参照：厚生労働省「働き方改革関連法の概要」
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000148322.html

制度の定義と改正内容を押さえたうえで、次に「実際にどれだけの企業が導入しているか」という実態を確認します。

2. フレックスタイム制度の普及実態——厚生労働省データで読む現状

「フレックスタイム制がある会社に転職したい」。その希望が現実的かどうかは、データで確認できます。

2-1. 導入企業の割合と企業規模による差

厚生労働省「就労条件総合調査（令和4年/2022年）」によれば、フレックスタイム制を採用している企業の割合は全体の6.9%です。10社に1社にも満たない水準ですが、企業規模によって大きな差があります。

従業員規模1,000人以上の大企業では、フレックスタイム制の採用率は約25%以上に上がります（同調査）。大企業ほどHR制度の整備が進んでいること、専門職・管理職の多さが制度導入の後押しになっていることが背景にあります。

企業規模（常用労働者数）	採用率の目安	主な採用理由
30〜99人	3〜5%程度	制度整備のリソース不足。個別対応が中心
100〜299人	5〜8%程度	採用競争力強化のため導入が進む段階
300〜999人	10〜18%程度	就業規則整備が進み制度化しやすい規模
1,000人以上	25%以上	専門職・管理職の多さ、HR部門の充実

出典：厚生労働省「就労条件総合調査 令和4年（2022年）」
https://www.mhlw.go.jp/toukei/itiran/roudou/jikan/syurou/22/index.html

2-2. 業種・職種別の傾向

業種別では、情報通信業・金融・保険業でフレックスタイム制の採用率が高い傾向があります（厚生労働省「就労条件総合調査」）。ITエンジニアやシステムエンジニアをはじめとする技術職は、成果物の品質が問われる職種であり、時間管理より成果管理に重きを置く企業文化とフレックスタイムが親和しやすいためです。

一方、製造業・医療福祉・小売・飲食といった現場勤務が中心の業種では、顧客対応や設備稼働の制約があり、フレックスタイム制の導入は構造的に難しい面があります。

これらのデータが示すのは、「フレックスタイム制度のある会社に転職する」という選択肢は十分に現実的だということです。ただし、業種・職種・企業規模を踏まえた求人選びが必要になります。

次のセクションでは、正社員でフレックスタイム制を活用することと、フリーランスとして時間の自由を得ることの、根本的な違いを整理します。

3. 正社員とフリーランスの違い——「時間の自由」の法的性質

「フリーランスは毎日好きな時間に働ける。正社員でフレックスにするより自由じゃないか」——そう思う人がいます。でも、自由の中身はまったく別のものです。

3-1. 正社員にとってのフレックスタイム制度

正社員は労働基準法の「労働者」として、使用者（企業）との労働契約に基づいて働きます。フレックスタイム制度は、この労働者を守る法律の枠組みの中で認められた「時間配分の自由」です。

• 社会保険（健康保険・厚生年金）は企業が折半負担します
• 時間外労働には割増賃金が適用されます
• 育児休業・介護休業の権利があります
• 解雇には正当な理由が必要です

フレックスで時間配分を柔軟にしながら、雇用に基づく保護が維持されます。

参照（正社員の定義）：厚生労働省「労働契約法」
https://www.mhlw.go.jp/topics/2008/03/tp0318-1.html

3-2. フリーランスは「フレックス」とは別の自由

フリーランスは、労働基準法の「労働者」には該当しません。企業との関係は雇用契約ではなく業務委託契約であり、労働時間に関する法律上の規制がそもそも適用されません。働く時間を決めるのは、自分自身です。

ただし、この自由にはトレードオフがあります。社会保険（健康保険・厚生年金）は自ら加入・負担します。仕事がない期間の収入は保証されません。育児休業・解雇制限といった正社員の権利もありません。2023年10月に施行された「特定受託事業者に係る取引の適正化等に関する法律（フリーランス保護法）」により、業務委託の取引条件の明示や一定の保護は強化されましたが、雇用に基づく保護とは性質が異なります。

参照（フリーランス保護法）：公正取引委員会「特定受託事業者に係る取引の適正化等に関する法律（令和5年法律第25号）」
https://www.jftc.go.jp/freelance/index.html

3-3. 比較表：正社員 vs フリーランス 時間の自由の違い

比較項目	正社員（フレックスタイム制あり）	フリーランス
法的根拠	労働基準法第32条の3（変形労働時間制）	民法上の業務委託契約。労働基準法は適用外
始業・終業の自由	清算期間内の総労働時間の範囲で自由に設定可能	制度上の制約なし。契約条件による
コアタイムの有無	企業の労使協定による（あり・なし両方）	クライアントとの打ち合わせ時間以外は自由
総労働時間の制約	清算期間内の総労働時間に上限あり（労使協定）	制約なし。自己管理
社会保険	企業と折半負担（健康保険・厚生年金）	国民健康保険・国民年金を自己負担
収入の安定性	月額賃金が保証（稼働ゼロでも賃金発生）	稼働ゼロなら収入ゼロ（案件次第）
育児休業・介護休業	法律上の権利として取得可能	法律上の権利なし（フリーランス保護法の対象外）
時間外割増賃金	清算期間超過分は割増賃金の対象	割増賃金の概念なし（契約単価に含まれる）

この比較が示すのは、「どちらがいい」という単純な優劣ではなく、「何を優先するか」による選択だということです。雇用の安定と時間の柔軟性を両立させたい場合、フレックスタイム制度のある正社員求人が有力な選択肢になります。

4. フレックスタイム制度のメリットと注意点

制度の仕組みがわかれば、次は「自分にとって何が得られるか」を具体的に考えられます。

4-1. 働く人にとってのメリット

生活リズムを仕事に合わせるのではなく、仕事を生活リズムに合わせられます。通勤ラッシュを避けて7時に出勤し、16時に退社する。子どもを保育園に送り届けてから10時に出勤し、19時まで働く。こうした調整が、会社の許可を都度取る必要なく、自分の裁量で実現できます。

集中力の観点でも効果があります。自分がもっとも集中できる時間帯に深い作業を持ってこられるため、同じ時間でも成果の質が変わります。「午前中は思考系の作業、午後は打ち合わせ」といった個人最適の時間割が設計できます。

通勤時間の削減という効果もあります。ラッシュを外した時間帯に移動するだけで、移動時間が短縮され、体力的・精神的な消耗が減ります。

4-2. 企業にとってのメリット

採用市場において、フレックスタイム制度は求職者への訴求力を持ちます。テレリモ総研（株式会社LASSIC運営）の調査でも、働き方の柔軟性を転職の重要条件とする求職者の割合が高まっています（参照：https://telework-labo.jp/）。

育児・介護中の社員が離職せず継続就業できる環境にもなります。人材不足が深刻な現代において、既存社員の定着率向上は採用コストの削減に直結します。

また、フレックスタイムはリモートワークと組み合わせやすい制度です。場所と時間の両方を柔軟にすることで、従業員の自律的な働き方を促進できます。

4-3. 見落としやすい注意点

• 総労働時間の管理が必要です。フレックスとは「好きなだけ働かなくていい制度」ではありません。清算期間の終盤になって「時間が足りない」と気づいた場合、短期間に集中して働く必要が生じます。自己管理の習慣がない場合は、かえって働き方が不安定になるリスクがあります。
• チームのコミュニケーション設計が重要です。特にコアタイムなしのフルフレックスの場合、チームメンバーがバラバラの時間に働くと、情報共有や意思決定に遅延が生じます。非同期コミュニケーション（チャット・ドキュメント管理）のルール整備が必要です。
• 「コアタイムあり」と「フルフレックス」では自由度が大きく異なります。求人票の「フレックスタイム制あり」という記載だけでは詳細がわかりません。コアタイムの有無と時間帯、清算期間の長さを確認することが重要です。

観点	メリット	注意点
生活設計	育児・介護・通院など個人の事情に合わせた時間配分が可能	清算期間末に残業が集中するリスクがある
生産性	集中できる時間帯に深い作業を集中させられる	自己管理が苦手な人は時間不足・過労になりやすい
チームワーク	コアタイムにチームが揃うため会議・意思決定が集約できる	フルフレックスでは情報共有・レスポンスに遅延が生じやすい
賃金・法的権利	清算期間超過分は時間外割増賃金として保護される	清算期間中の過不足は繰り越せず、不足は原則控除の対象
採用・定着	求職者への訴求力が高く、既存社員の定着率向上に寄与	制度整備・労使協定の締結に管理コストが必要

5. フレックスタイム制度の導入要件——法的手続きの全体像

「フレックスタイム制を導入しているかどうか」は、求人票の一言で判断できるものではありません。企業側が正しく制度を整備しているかを転職者として確認する知識として、法的要件を理解しておくことが重要です。

5-1. 労使協定の締結と記載事項

フレックスタイム制の導入には、労使協定（36協定とは別）の締結が必要です。就業規則だけでは不十分で、労働組合または労働者の過半数代表者との書面による合意が必要です。

労使協定には以下の事項を記載する必要があります（労働基準法第32条の3）。

清算期間が1か月を超える場合は、労使協定を労働基準監督署に届け出る必要があります（同法同条第4項）。

5-2. 就業規則への記載

常時10人以上の労働者を使用する使用者は、就業規則にフレックスタイム制に関する事項を記載し、所轄の労働基準監督署に届け出る必要があります。就業規則の記載なしに制度を運用することはできません。

5-3. 時間外労働の計算方法

フレックスタイム制における時間外労働は、清算期間内の総実労働時間が法定総労働時間を超えた時間として計算します。1日8時間・週40時間という通常の基準とは計算方法が異なります。

計算例：清算期間1か月（31日の月）の場合、法定総労働時間は「40時間×31÷7≒177.1時間」です。この177.1時間を超えた分が時間外労働として割増賃金の対象になります。

参照：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き（令和5年改定版）」
https://www.mhlw.go.jp/content/001209285.pdf

制度の仕組みと法的要件を理解したうえで、次は転職市場における「フレックス×リモート」の現在地を見ます。

6. リモートワーク×フレックスタイム——転職市場の現在地

フレックスタイムと、もう一つの「自由」——リモートワーク。この2つが組み合わさったとき、働き方の自由度は別の次元に入ります。

6-1. テレワーク普及とフレックス導入の相関

総務省「通信利用動向調査（令和4年/2022年）」によれば、テレワークを実施している企業の割合は51.7%に達しています。コロナ禍を経てリモートワークが定着した企業では、勤務場所の柔軟性に加えて、勤務時間の柔軟性を組み合わせるケースが増えています。

出典：総務省「令和4年通信利用動向調査」
https://www.soumu.go.jp/johotsusintokei/statistics/statistics05b1.html

編集部調べでは、リモートワーク対応の求人において「フレックスタイム制あり」の記載がある求人の割合は、オフィス勤務前提の求人と比較して高い傾向にあります。リモート×フレックスは「働き方の柔軟性」を訴求する企業にとってセットで提供されやすい組み合わせです。

勤務形態	親和性	主な適合職種	ポイント
フルリモート＋フルフレックス	最高	ITエンジニア、Webデザイナー、マーケター	場所・時間の両方が自由。成果管理型の運用が前提
ハイブリッド出社＋コアタイムあり	高	システムエンジニア、PM、企画職	出社日はコアタイムに合わせ、在宅日は前後を調整しやすい
フルリモート＋コアタイムあり	中	カスタマーサポート、営業スタッフ	顧客対応のある職種でも、コアタイム外の自由度を確保できる
オフィス出社のみ＋フレックスなし	低	製造・現場系職種	設備稼働・シフト制の制約でフレックス導入が難しい

6-2. Relasicで探せるフレックス対応求人

Relasic（株式会社LASSIC運営）は、リモートワーク対応の正社員求人に特化した転職支援サービスです。公開求人3,790件（うちフルリモート1,428件）を擁し、フルリモートとハイブリッドを合わせたリモートワーク対応求人を幅広く掲載しています。

フレックスタイム制度のある職場でリモートワークを実現したい場合、求人の「勤務体系」欄でフレックスタイムの記載を確認するとともに、コアタイムの有無・時間帯・清算期間などの詳細を面接や求人担当者に確認することが重要です。Relasicでは転職相談も受け付けており、希望する働き方の条件整理からサポートが可能です。

7. よくある質問（FAQ）

Q1. フレックスタイム制度は全ての正社員に適用されますか？

A. いいえ。フレックスタイム制度は、企業が労使協定を締結し就業規則に定めた場合にのみ適用されます。対象となる労働者の範囲も協定で指定されるため、同じ会社でも職種や部署によって対象外の場合があります。転職時には求人票の記載に加え、面接で確認することをお勧めします。

Q2. コアタイムなしのフルフレックスとコアタイムありの違いは何ですか？

A. コアタイムありの場合、指定された時間帯（例：10時〜15時）は全員が働いている必要があります。フルフレックス（コアタイムなし）は、この制約がなく、完全に自分の裁量で働く時間帯を決められます。チームでの連携が多い職種はコアタイムありが多く、個人作業が中心の職種はフルフレックスを採用しやすい傾向があります。

Q3. フレックスタイム制度があれば残業代は発生しませんか？

A. 発生します。清算期間（最長3か月）内の総実労働時間が法定総労働時間を超えた場合、その超過分は時間外労働として割増賃金の対象になります。フレックスタイム制は「残業代不要」の制度ではなく、時間計算の基準が清算期間単位になる制度です。

Q4. フリーランスエンジニアはフレックスタイム制度を利用できますか？

A. 利用できません。フレックスタイム制度は労働基準法に定める「労働者（正社員・契約社員等）」を対象とする制度です。業務委託契約で働くフリーランスには労働基準法自体が適用されないため、フレックスタイム制度の枠組みは関係ありません。フリーランスの「時間の自由」は、労働法ではなく契約の自由に基づくものです。

Q5. 育休・産休中もフレックスタイム制度は適用されますか？

A. 育児休業・産前産後休業の期間中は、就労自体が停止するため、フレックスタイム制度の運用は停止します。育休・産休復帰後にフレックスタイム制度の対象に戻るかどうかは、各社の就業規則と労使協定の定めによります。復職時の勤務条件について、事前に確認することをお勧めします。

Q6. 2019年改正でフレックスタイム制度はどう変わりましたか？

A. 清算期間の上限が「1か月以内」から「3か月以内」に延長されました。これにより、繁忙期と閑散期をまたいだ労働時間の調整が可能になりました。ただし、清算期間が1か月を超える場合は労使協定の労働基準監督署への届出が義務付けられ、各月で週平均50時間を超える時間外労働が生じた場合は清算期間中に割増賃金を支払う義務が生じます。

8. まとめ：フレックスタイム制度で変わること、変わらないこと

フレックスタイム制度を正しく理解することは、転職先選びの精度を上げることに直結します。記事の要点を整理します。

「いつ働くかを自分で決める」という選択肢は、制度のある会社を選ぶことで初めて手に入ります。

Relasic（リラシク）について

Relasic（株式会社LASSIC運営）は、リモートワーク対応の正社員求人に特化した転職支援サービスです。フルリモート求人1,428件を含む3,790件の公開求人から、フレックスタイム制度・リモートワーク対応の勤務条件を備えた転職先を探せます。「フレックスタイムがあるか」「コアタイムはどこか」「リモートの頻度は」——こうした条件を整理しながら転職活動を進めたい方は、まず求人を確認するところから始めてみてください。

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出典・参考情報

＊1　厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き（令和5年改定版）」
＊2　厚生労働省「就労条件総合調査 令和4年（2022年）」
＊3　厚生労働省「働き方改革関連法の概要」
＊4　厚生労働省「労働契約法について」
＊5　内閣官房・厚生労働省「フリーランスとして安心して働ける環境を整備するためのガイドライン」
＊6　公正取引委員会「特定受託事業者に係る取引の適正化等に関する法律（フリーランス保護法）」
＊7　総務省「令和4年通信利用動向調査」
＊8　テレリモ総研（株式会社LASSIC運営）